Joan Allen est née le 20 août 1956 à Rochelle dans l'Illinois (États-Unis).
La jeune femme passe son adolescence entre l'Estearn et la Northern Illinois University. Elle est vite attirée par la comédie et crée avec le brillant comédien John Malkovich la troupe de théâtre Steppenwolf en 1977.
Elle obtient son premier rôle d'actrice dans la mini-série télévisée Evergreen en 1985 avant d'apparaître sur grand écran la même année dans Compromising Positions avec la cultissime Susan Sarandon. La jeune comédienne tourne ensuite dans deux productions de Francis Ford Coppola : Peggy Sue s'est mariée en 1996 avec Nicolas Cage puis dans Tucker avec Bruce Willis en 1988. Sous la caméra d'Oliver Stone, l'actrice interprète la femme du président Nixon alias Anthony Hopkins. Le film rencontre un immense succès à travers le monde et la belle comédienne accède enfin à une certaine notoriété du métier. En 1997, elle retrouve Nicolas Cage dans le thriller Volte Face. C'est un nouveau succès pour l'actrice. Durant cette période très faste, elle tourne dans plusieurs comédies. Joan Allen joue notamment dans le film dramatique Manipulations avec Gary Oldman en 2001. Elle décroche un rôle en or avec les aventures de l'agent Jason Bourne soit La mort dans la peau en 2004 puis La mémoire dans la peau en 2007 avec Matt Damon et Julia Stiles.
La comédienne se marrie le 1er janvier 1990 avec l'acteur-réalisateur Peter Friedman. Ensemble le couple met au monde un enfant. Ils divorcent en 2002.
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